jeudi, décembre 28, 2006

Can You Be a Theist and Believe In Evolution?

Can You Be a Theist and Believe In Evolution?:

"John Wilkins wonders about this in God, evolution and variation. I think it all boils down to purpose. Science doesn't reveal purpose but most religions demand it. (We're talking about interventionist Gods here.) Real evolution incorporates a large degree of accident and randomness and that's just not consistent with a God who has a plan. (Yes, I'm aware of the confused rationalizations of some theistic evolutionists.)"

This is from Larry Moran's blog, one of my favorites: Sandwalk. And this is one of the points of view I disagree mostly with fellows darwinists. Randomness is quite consistent with a god "who has a plan". At least there is evidence that Randomness and accidents and the so are quite consistent with humans "who have a plan" and want to achieve a results. And this is a case not rare for molecular biologists.

Now I'll have to explain. Imitating evolution in vitro is one of the most funny things I ever made in a lab. Random Mutation and Artificial Selection instead of RM+Natural Selection. I haven't a personal application/results to presnt here as much demonstrative as my chouchou, so I'll talk rather about DNA shuffling and the GFP -> EGFP construct.

DNA shuffling is a powerful technique when you don't have enough data to design a genetic manipulation to achieve a particular result, composed of a [predetermined] genotype leading to a particular phenotype. Not always easy to build the experiment.

First thing first, one need to [almost ;-)] precisely determine what the expecting result(s) is and a way to isolate it from a population. For EGFP the case was easy enough to be used as proof of concept: a DNA sequence, descendant of GFP, encoding for a protein with:

  • better expression pattern in human cells, and/or
  • higher quantum yield, and/or
  • different excitation wavelength.

Building the Artificial Selection strategy was easy enough: express a DNA collection in human cells, illuminate with the desired wavelength, select the brighter cells using a cell sorter. A common cell sorter is the most complex part of the experiment's setting.

To apply this strategy one needs to have a population of DNA sequences to sort, indirectly, on the basis of the phenotype they procure. At this point DNA shuffling provides the answer. Starting with the parental GFP encoding DNA, introduce random mutations, cut the resulting molecules into short ones and allow PCR to recombine them. Purify (or not) the right length fragments, insert them into an eucaryotic expression vector, use the ligation product to transform the adequate cell line and let expression occur. Sort them; you may find the sequence(s) with the desired characteristics. You should find it if it is possible and your initial DNA population is large enough to covert probabilities.

Let's see what we have here: a quite intelligent designer mimicking evolution in vitro [random mutation and recombination] and applying selection for a particular set of characteristics. Someone "who has a plan" and build the conditions where "accidents and randomness" will bring the desired result. And it works. Nicely.

This one is an easy one, amongst an overwhelming pile of evidences, that should re-conciliate any theist around with Darwin: purpose, randomness and result. If a molecular biologist can do it, any god you can imagine could do the same.

Real evolution incorporates a large degree of accident and randomness and that's just not consistent with a God who has a plan.
I think real evolution incorporates a large degree of accident and randomness quite consistent with any god who has a plan, and some knowledge of molecular biology. I'm not an atheist because gods couldn't play with DNA shuffling but because there is no evidence that such gods exist.
If theists are willing to believe the hypothesis of a god (or a set of them), let them do so and teach them that their beliefs aren't inconsistent with "evolution on the basis of RM+NS". So they hopefully stop interfere with evodevo and accept the mainstream theory of evolution without the feeling that they betray their god(s).

Even Intelligent Design proponents should stop talking about Design and start spending effort to improve Darwin's theory :-)
Dembski, O'Leary, do you copy me?


The same rationale can be used to discuss the transition from an abiotic state to the current biosphere on the basis of random events, or even from an a-universe state to the post-Bing Bang situation. Deities do have the right to use randomness and accidents (and the so) to achieve their goals, as any other entity. Now, proving that any deity exists is another problem, and it's not one for biologists but for theologists.

mercredi, décembre 20, 2006

samedi, décembre 16, 2006

Et si...

C'était juste un gag ? Imaginons un instant que les anti-évolutionistes ou les théo-évolutionistes et autres anti-darwin soient juste en train de nous faire une immense farce. Ca serait un soulagement dans l'horreur de la connerie humaine rampante qui nous entoure.
Puis je me suis réveillé en sursaut. Et j'ai eu envie de pleurer.

lundi, décembre 04, 2006

doctrine

LiveScience.com - Scientist Fights Church Effort to Hide Museum's Pre-Human Fossils: "'The Christian community here is very uncomfortable that Leakey and his group want their theories presented as fact,' said Bishop , head of the largest Pentecostal church in , the Christ is the Answer Ministries.
'Our doctrine is not that we evolved from apes, and we have grave concerns that the museum wants to enhance the prominence of something presented as fact which is just one theory,' the bishop said."
[...]
"We have a responsibility to present all our artifacts in the best way that we can so that everyone who sees them can gain a full understanding of their significance," said , public relations manager for the . "But things can get tricky when you have religious beliefs on one side, and intellectuals, scientists, or researchers on the other, saying the opposite."

samedi, décembre 02, 2006

fusions

Hybrids: When two species become three - life - 15 June 2006 - New Scientist: "SPECIES do not always arise by new branches forming on the family tree. Sometimes the branches merge, and two species hybridise to form a third."


When two butterflies become one new one - life - 01 December 2006 - New Scientist: "A new butterfly species that lives high in the Sierra Nevada mountains of the western US has turned out to be a rare creature indeed: it arose through the merging of two distinct species. It is one of very few hybrid species that can successfully breed."

mercredi, novembre 22, 2006

butterfly effect

via Quelque chose dans ce dessin m'a fait penser à Jean Staune ! L'efficacité ?

mardi, novembre 14, 2006

Kallima inachus & Jean Staune

Source Image

J'ai eu du mal a trouver quelques données pour discuter les assertions de au sujet de l'évolution des . Mais je les ai et je peux faire une critique illustrée du texte de Staune à ce sujet :

Et là où les choses deviennent extraordinaires c’est que le mycologue , ancien directeur du a pu identifier quelle espèce précise de champignon était représentée sur les ailes de ce papillon.
Certes, plus le camouflage est parfait, plus cela représente un avantage pour l’animal, dira un darwinien.
Mais voilà pour arriver à son état actuel, un Kallima a dû au fil des générations franchir les étapes suivantes.
1/ Kallima ressemblant déjà à une feuille morte mais sans tâches sur les ailes.
2/ Kallima avec des tâches sur les ailes.
3/ Kallima avec des tâches sur les ailes ressemblant vaguement à un champignon.
4/ Kallima avec des tâches sur les ailes ressemblant vraiment à un champignon.
5/ Kallima avec des tâches sur les ailes ressemblant un peu à une espèce particulière de champignon.
6/ Kallima actuel avec des tâches sur les ailes ressemblant exactement à une espèce particulière de champignon
Or s’il est possible que la sélection naturelle puisse permettre le passage de l’étape 1 à l’étape 2 ou de la 2 à la 3 , le processus s’arrêtera à l’étape 4 ou au mieux à l’étape 5.

Car il n’y a pas d’oiseaux « mycologues » capable de manger un « père » se situant à l’étape 5 et de laisser vivre son fils mutant se situant à l’étape 6 en le confondant avec une vraie feuille morte. En d’autre terme, la sélection naturelle n’est pas assez puissante pour que, si l’étape 5 est atteinte et que par hasard une mutation va faire naître un Kallima porteur de tâches ressemblant exactement à un champignon (étape 6) celui-ci soit avantagé au point de remplacer à terme les Kallima « restés » à l’étape 5.

En regardant ses six spécimens de la première question qu'on se pose est si Roger Heim n'en a vu qu'un seul et unique exemplaire de Kallima avant d'identifier l'espèce précise représentée sur les ailes des Kallima. J'en avais le sentiment en lisant que pas deux exemplaires de ce papillon n'étaient identiques, mais en discutant avec un entomologiste le doute s'était installé quand à la ressemblance éventuelle des motifs. Après avoir admiré la variété des Kallima en direct je me rend compte que les étapes 1 à 6 de la séquence évolutionnaire imaginaire que Jean Staune nous sert ne sont pas.

Qu'un mycologue se prononce au sujet d'un spécimen de papillon en y voyant une ressemblance avec une feuille infestée par un champignon particulier passe encore. Quoiqu'il aurait dû se poser la question de la diversité du caractère.

Que cette observation soit à la base d'élucubrations gratuites destinées à attaquer une théorie scientifique, sans se poser la question de la diversité du trait phénotypique, est caractéristique, d'une part, d'une méconnaissance du sujet, d'autre part, d'une mauvaise foi manifeste. Aggravé par un fameux :

Là, c’est vraiment “l’hospital qui se fout de la charité” : en permanence les darwiniens multiplient les raisonnements ne reposant sur aucune donnée. Ils racontent de jolies histoires parfois crédibles parfois ressemblant à des contes de fées.
[...]
Sur le fond, la séquence présentée ici est de loin la plus crédible car les spécialistes des papillons admettent que la forme “imitation d’un champignon” ne peut apparaître que sur un champignon qui ressemble déjà à une feuille, pour des raisons décrites ci-dessous.
[...]
La séquence que j’ai donnée, ou l’imitation du champignon se développe sur un paillon qui ressemble déjà à une feuille morte est la seule crédible POUR LES DARWINIENS, celle proposé implicitement par V. est profondément non darwinienne- sans qu’il en soit conscient. Ici V. fait du non-darwinisme comme Mr Jourdain faisait de la prose, sans le savoir [source]

Bon, je ne faisais pas du non-darwinisme ce qui doit attrister quelques uns, y compris Jean Staune. La séquence qu'il a donné n'a rien à voir avec les données issues de juste 6 spécimens, il ne s'agit pas de séquence mais de phénotypes co-existents, ce qui était probable, plus probable qu'une séquence.

Il va falloir ranger gentiment cet exemple à la poubelle et Staune devra modifier profondément son chapitre après avoir enlevé l'exemple des Kallima qui lui servait de pivot pour attaquer le darwinisme.

Pour conclure avec ce cas particulier :

Mais j’ai gardé le plus beau pour la fin

V. disait
« aucune mention de la variance de ces deux traits dans la population actuelle des Kallima »
Bonne intuition Antoine… mais elle porte le coup de grâce au darwinisme dans ce dossier. Car il existe des Kallima imitant des feuilles mortes qui ne portent aucun champignon sur les ailes ! Ils sont restés à la séquence 1. Je suis en train d’essayer de faire vérifier auprès de spécialistes s’ils vivent dans les mêmes biotopes que les Kallima avec champignons sur les ailes. Si c’est le cas V. devra se surpasser en terme de contes de fées pour nous expliquer pourquoi la présence du champignon sur les ailes du Kallima représente un avantage sélectif pour lui !
Si ce n’est pas le cas V. fera la supposition purement gratuite que les prédateurs qui chassent les Kallima sans champignon ONT UNE MOINS BONNE vue que les prédateurs qui chassent les Kallima avec champignons
Supposition très peu crédible car à part les rapaces ( qui ne mangent pas de papillon)les oiseaux vivant dans des forêts denses ont des vues équivalentes. V. devra donc apporter la preuve de son éventuelle future supposition gratuite (les raisonnements darwiniens sont tellement stéréotypés qu’on peut LES PREVOIR à l’avance !)

Jusque là le Kallima restera un emblème pour les non-darwiniens.

L'intuition était vraiment bonne. L'hypothèse de base de la séquence imaginaire de l'évolution des Kallima tombe à l'eau. Pas deux Kallima ne sont identiques et accidentellement certains motifs peuvent ressembler beaucoup à l'une ou l'autre des espèces de champignons qui s'installent sur les feuilles mortes. Mais ce n'est pas un trait stable au sein d'une espèce que de ressembler "exactement à une espèce particulière de champignon".

Ainsi je n'ai même pas besoin d'essayer de traiter le sujet, puisque sujet il n'y en a pas.

Bien entendu les prévisions de Staune au sujet de mes hypothèses quant aux prédateurs des Kallima sont à côté de la plaque. Mais je laisse encore un peu le sujet en stase; qui sait, peut-être que dans un accès de lucidité, ou en avançant des hypothèses au hasard, il pourrait trouver la bonne question. N'est-ce pas ?

mardi, novembre 07, 2006

sérieusement ?

Liberty University is looking for Biology Professors by chronicle.com: "Biology: Two positions. Rank open. Ph.D. and compatibility with a young-earth creationist philosophy required. 1) Human anatomy and physiology, 2) undergraduate genetics. Supervision of undergraduate research expected. Contact Dr. Paul Sattler - pwsattler@liberty.edu."

(Via RichardDawkins.net : The Latest Updates.)

mercredi, octobre 25, 2006

toxoplasmes

Je viens de tomber sur un papier du Telegraph (UK), où

Prof Steve Jones describes the extraordinary life of the single-cell parasite that makes mice lose their fear of cats
Trouvant l'histoire fascinante, j'ai voulu trouver des papiers de qui discutent du sujet, sans succès ! J'en étais à retourner vers les pages du journal pour vérifier si la date de publication n'était pas le premier avril, quand l'idée farfelue m'est passé par la tête de lancer la requête "toxoplasma behavior" dans PubMed.

Ce n'est pas une blague, il semble bien que les toxoplasmes affectent le comportement de leurs hôtes.

Je viens de finir la lecture en diagonal du papier Jitka Lindova ́ et al., Gender differences in behavioural changes induced ..., International Journal for Parasitology (2006), doi:10.1016/j.ijpara.2006.07.008, qui montre même qu'il y a un dimorphisme sexuel dans la façon d'être affecté(e).

The aim of using behavioural data was to confirm (or refute) the existence of an opposite effect of latent toxoplasmosis on men and women in the personality characteristics Relationships (warmth), Self-Control (rule consciousness), Clothes Tidiness and Mistrust (vigilance). In all four behavioural composite variables studied, we found a significant or nearly significant gender difference in the influence of latent toxoplasmosis on men and women. Specifically, we found significantly lower scores in infected men compared with uninfected men in Relationships, Self-Control and Clothes Tidiness and a trend in the opposite direction in the same variables in infected women compared with uninfected women (with the exemption of Relationships, where the scores of infected and uninfected women did not differ).
[...]

In conclusion, this study has shown that latent toxoplasmosis probably causes profound changes of human behaviour, predominantly the behaviour directed to other people and society. Therefore, Toxoplasma must be considered one of the biological factors that are able to afect the key traits of human personality.

Comment est-ce que je suis arrivé là ? Je travaille un petit texte sur les mèmes et j'en étais à la comparaison de R. Dawkins qui les considère comme des virus et à la position de Bruce Hood qui considère que nous naissons avec un cerveau superstitieux.

Et je me suis posé la question si nous ne sommes pas en présence de deux populations, une que je considérerai comme la wild type, qui présente bien un comportement superstitieux tel que Hood le remarque et une autre, qui serait la mutante débarrassée, soit des gènes déterminant le comportement superstitieux, soit devenue résistante au parasite. La question est basée sur des peanuts mais elle pourrait bien faire partie d'un morceaux de SF.

mardi, octobre 24, 2006

Great tits

via Oxford indulgence

University of OxfordIt’s the headline someone at the University of Oxford press office could not resist writing:

Great tits challenge evolutionary theory

(Thanks to investigator Kristine Danowski for bringing this to our attention.)

lundi, octobre 23, 2006

la verité

Par moment, on a beau vouloir se changer les idées on échoue lamentablement, non pas par manque d'intérêts divers et variable ou à cause de problèmes de se concentrer. Juste parce que certains parasites semblent couvrir une large portion de la bande passante.

Hier je me suis dit que je laisserais tomber l'ID, l'UIP et consorts pour lire un peu de science "annexe". Je choisis au hasard un des sujets que j'ai soigneusement rangés dans mon lecteur de flux d'actualisation et je lance un "refresh" pour voir ce qui a été posté récemment sur les blogs des uns et des autres. Au menu, hier matin : nanotechnologies. Au troisième post je tombe sur ça : Does “Soft Machines” present arguments for Intelligent Design? o_0 WTF?

Je suis les liens proposés par Richard et je tombe sur truth in science ! Déjà il y a des sonnettes d'alarme qui se déclenchent à chaque fois que je vois les mots "vérité" et "science" dans un titre quelconque. Non pas que je pense que la science ment, mais c'est tellement évident que non que dire "science" me semble largement suffisant. S'il faut préciser qu'on parle de "vérité" ça sent l'embrouille.

Il est intéressant de parcourir le site, qui balance entre le créationisme avoué de certains des membres de la direction et le flirt avec l'Intelligent Design. L'entreprise me rappelle une autre organisation, plus proche, moins communicante et nettement moins claire quant à ses positionnements.

Au moins avec Thruth in Science LTD on sait à quoi s'en tenir.

dimanche, octobre 22, 2006

la survie du plus apte

C'est une façon simple, simplifiée, simplifiée à outrance même, pour signifier ce qui favorise la survie de certains individus et la transmission de leurs gènes.

C'est tellement simplifié que les anti-darwinistes s'en servent parfois comme contre-argument pour s'attaquer à la théorie de l'évolution des espèces. Il est parfois nécessaire de passer outre les simplifications à visée éducative et d'expliquer en détail certains aspects de la question pour les pauvres d'esprit ou pour les fainéants du neurone qui ne se donnent pas le mal pour réfléchir un peu avant de sortir des grosses conneries.

De la part de ceux qui trouvent que le darwinisme est une invention du diable pour éprouver les croyants on ne peut pas s'attendre qu'ils fassent l'effort intellectuel nécessaire pour appliquer le couplet MA & SN de façon intelligente soit à leurs propres observations, soit à celles d'autres personnes. Ceci est d'autant plus vrai si les croyants en question il n'ont pas eu de l'entraînement en sciences suffisant pour qu'ils disposent d'une connaissance suffisante des méthodes à appliquer.

Ainsi, ce qui peut paraître superflu à mentionner à quelqu'un qui a pigé comment ça marche peut être important à mentionner à des buts éducatifs, non pas obligatoirement à l'attention des croyants, mais au moins pour ceux qui veulent aborder le sujet sans se restreindre à des idées préconçues1.

La majorité des gens s'arrêtent à l'aléatoire que représentent les mutations au niveau du génome, de l'ADN. Peu se rendent compte du caractère aléatoire de la SN :-) Et encore plus nombreux sont ceux qui oublient qu'ils abordent un domaine ou les individus ne doivent pas être isolées et que le raisonnement en termes statistiques rend mieux compte de la réalité.

Le terme "sélection naturelle" n'est pas le meilleur choix qui a été fait pour signifier l'adéquation entre certains individus et les conditions environnantes qui les favorisent en termes de survie et de reproduction. Il y a des relents de choix faits par la nature dans "sélection naturelle" et si on n'a pas les idées claires il est très facile de glisser vers un raisonnement téléologique. Je préfère et de loin réfléchir en termes de "compatibilité écologique temporaire", compatibilité avec l'écosystème, durant le laps de temps entre la naissance des individus et leur reproduction. Compatibilité pour clairement signifier qu'il s'agit d'une interaction entre les individus et le milieu sur la base des lois physico-chimiques, écologique pour signifier que le dit milieu est l'écosystème auquel ils appartiennent/participent et temporaire pour indiquer que cette compatibilité est restreinte dans le temps, puisque le milieu varie lui-même.
Je ne pense pas que papy Darwin serait en désaccord avec cette formulation.

Même en reformulant SN par CET on laisse de côté les petits accidents individuels qui peuvent avoir des conséquences. Imaginez la graine au patrimoine génétique parfaitement adapté à l'écosystème et à son évolution durant les n prochaines années, que rien ne distingue extérieurement (phénotypiquement) des autres graines, et le petit moineau qui vient la picorer parce qu'il avait un petit creux:-) Rien ici ne concerne l'aptitude de la graine à survivre si on la compare aux autres graines, la survie du plus apte se transforme à la survie du plus apte qui a eu l'opportunité de démontrer son aptitude.

Oublier de considérer la SN pour ce qu'elle est , en abordant un problème d'évolution biologique, peut facilement conduire à des conclusions fantaisistes.

1. Les idées reçues d'autres et que l'on ne comprend pas sont probablement les plus dangereuses; plus un interlocuteur est habitué à citer les autres plutôt que de donner son propre avis, plus il faut le soupçonner de ne pas avoir un avis personnelle, produit par lui-même.

futurologie

Il n'y a pas que les créationistes ou les astrologues qui peuvent être casse-pieds en racontant n'importe quoi, les uns du passé, les autres du futur.

Les futurologues peuvent en faire autant ! Le Dr Oliver Curry de Darwin@LSE en est un exemple, pas franchement original, mais qui a le mérite d'être frais :-)

Ainsi pour 100000 (sic) il prévoit l'existence de deux sous-espèces, certainement nourri des écrits de H.G. Wells, la division étant due au développent de l'eugénisme associé à une classe aisée.

Bien sûr il a dû tenir compte de l'évolution parallèle des pathogènes et des variations climatiques, peut-être même de ses fantasmes (en 3000 les mecs auront des mâchoires carrées et des voix profondes, les nenettes la peau plus claire, des grands yeux clairs, la poitrine bandante, des cheveux de rêve et plus besoin de s'épiler).

Sacré Dr .

La science pourra-t-elle rester neutre?

nous livre ses réflexions sur la question "La science pourra-t-elle rester neutre?"

Le sujet est à la mode dans certains cercles et les implications des réponses qu'on peut apporter ne sont pas anodines.

Le terme "" est opposé à "" en générale, "" en particulier. Malheureusement la distinction entre la définition de la science et sa pratique par les scientifiques, sous la houlette des pouvoirs publics, ou d'entreprises privées, n'est pas clairement faite.

En fait, la science n'est pas neutre, aujourd'hui pas plus qu'elle ne l'a jamais été par le passé. Le fait de se cantonner explicitement à une approche matérialiste du monde est une prise de position que je ne vois pas comment on pourrait qualifier de neutre vis-à-vis des idéologies diverses qui voudraient soit se réclamer de cette définition pour justifier une vue "tout matérialisme", de domaines autres que scientifiques, ou souhaiteraient modifier cette définition pour y inclure leurs approches, d'essence métaphysique.

Même si par neutralité on veut signifier que la science ne souhaite pas supporter, ou dépendre de l'une ou l'autre idéologie, il y a prise de position dont la neutralité ne peut concerner que "l'utilisation des conclusions scientifiques".
Certainement pas les bases des choix étatiques ou privés quant aux domaines et questions scientifiques privilégiés par les financements publics ou par les lois délimitant l'étendue des domaines de recherche.

Privez le scientifique des moyens de mener ses travaux et vous disposez d'un quidam tout au plus bon à s'exercer à la philosophie des sciences. Dotez un quidam des moyens pour faire semblant de faire de la science et une pseudo-science bourgeonne.
La science ne peut malheureusement pas s'offrir le luxe de la neutralité quant à sa définition et sa pratique, pas plus que quant à sa définition.

Même la distinction entre science fondamentale et appliquée n'est pas à même d'apporter la neutralité souhaitée à une portion des activités scientifiques; au contraire, elle aboutit à la concentration des objections sur certaines questions, laissant la technologie, en partie, en dehors du débat.

Autant il est légitime de se préoccuper de la façon dont les ressources gérées par son état sont utilisées, autant c'est de l'ingérence que de vouloir dicter la façon dont des ressources d'un autre état, ou privées, sont utilisées. Qu'un état catholique, comme le Vatican, ou un état islamique, ou une fondation privée, souhaitent utiliser leurs ressources pour promouvoir ou établir des approches non matérialistes pour expliquer le monde, est un droit qu'aucun scientifique, que personne en fait, ne peut leur réfuter. La seule chose qu'on puisse exiger est qu'ils n'usurpent pas le terme "science".

L'exemple apporté de détournement de crédits par les créationnistes américains n'est pas suffisamment clair en fait, rien ne montrant si les dits crédits ne sont pas d'origine privée.
Il serait plus percutant et explicite, et ne relevant pas de l'ingérence, de poser la question comment au sein d'un établissement public français, comme le (), et avec un salaire de Directeur de Recherche du , français et public également, une personne peut pratiquer de la "", mauvaise non pas seulement quant aux motivations, mais surtout quant à la méthodologie utilisée et le manque de connaissance du domaine abordé. Et pourquoi elle conserve sa place !

J'ai du mal à envisager comment une science limitée par des concepts idéologiques ou religieux pourrait être en compétition avec la science dans un domaine autre que la disponibilité des ressources. L'éclatement du lyssenkisme est l'exemple le plus proche du devenir des approches basées sur des idéologies introduites dans le champ scientifique. Des bulles spéculatives qui ne peuvent qu'éclater à court ou moyen terme. Qu'elle soient suscitées par une idéologie politique ou religieuse d'ailleurs, aucune hypothèse ne peut tenir tête longtemps face à une thèse supportée par des faits, que même ses opposants peuvent tester, s'ils sont de bonne foi. Abordez l'amélioration de plantes sur un mode lamarckien, plutôt que darwinien, et vous finirez par vous couvrir de ridicule, ce qui n'est pas grave, et par avoir perdu la guerre des applications concrètes, et ça c'est une mini-catastrophe économique, autant à cause de la perte des ressources allouées que par le manque à gagner.

Les réflexions de Jean-Paul Baquiast le mènent progressivement à prendre position pour une réaction concertée de la part des matérialistes, face aux intrusions théistes qui pullulent ces derniers temps.

Il se peut que j'eut été partisan d'une telle approche si le nécessaire avait été fait pour expliciter le positionnement de la science face à des telles intrusion. En dernier recours.
Or c'est loin d'être le cas. Face au cas " la réaction des instances publiques a priori garantes des bonnes pratiques scientifiques a été molle et mal (ou pas du tout) organisée.
On est resté loin de la possibilité de laisser ADM se présenter à un débat public, pour lui signifier publiquement qu'elle confond certaines notions de base de biologie et qu'elle ignore le domaine qu'elle critique, ce qui aurait eu la vertu d'être éducatif pour le public essentiellement composé de non-scientifiques, clore le débat une fois pour toutes, au moins dans les termes utilisés encore aujourd'hui, et éviter de donner une "image de marque" de la science empreinte de dogmatisme.

Avant que ce type d'outils, disponibles, n'aient été utilisés, commencer à réfléchir à l'élaboration de nouveaux peut donner l'illusion qu'on anticipe les mouvements des adversaires; mais ça relève plus de l'organisation de personnes partageant une même idéologie, pour donner à cette dernière les moyens d'exercer son influence pour le partage des ressources allouées à la science. Si c'est l'objectif poursuivi, et qu'il est clairement exprimé sans se cacher derrière la défense d'une science neutre, je pense que c'est un effort honorable auquel je participerai volontiers.

samedi, octobre 14, 2006

pasta

Revenons aux pâtes-alphabet. Elles me sont chères parce que c'est avec elles que j'ai fait mes premières expérience relatives au hasard. J'ai glissé une observation "Vous en trouverez de toutes les langues que vous connaissez."

Evidement, le hasard ne parle aucune langue !

Ce n'est pas une observation anodine, malgré sa simplicité. Elle signifie que la nature des mots obtenus n'est pas entièrement prédéterminée, mais qu'elle dépend en partie des capacités de l'observateur. Un mot suédois a beau avoir été formé par le hasard, si vous ne parlez pas suédois vous ne vous en rendrez pas compte. Si j'ai restreint le pouvoir du hasard en utilisant "pas entièrement prédéterminés" c'est que cette série d'expériences est fortement influencé par le type de matière utilisée. En fait, j'expérimentais au début avec des pâtes-alphabet grecques ! Je trouvais que le nombre de mots français obtenus était particulièrement faible (d'autant plus que mon vocabulaire français était très limité à l'époque).

Je me suis demmerdé pour obtenir deux précieux paquets de pâtes-alphabet "français". Et j'ai continué à jouer avec, malgré l'angoisse de ma mère qui trouvait que c'était mauvais signe que je "jette les lettres", imaginant que j'allais finir comme les charlatans qui lisaient l'avenir dans le marc de café. Angoisse modérée par ma grand-mère qui trouvait que c'était là un signe certain de mon évolution vers le statut de "lettré". Mamie avait presque raison, je me suis procuré un vocabulaire anormalement riche pour mon âge, chaque mot potentiel étant immédiatement recherché dans le dictionnaire grec ou français.

Jusqu'au jour où j'ai fait une découverte fabuleuse : Il y avait le mot HELP formé devant mes yeux ébahis. Je connaissais le mot par l'album des Beatles. La sainte terreur que j'ai ressenti quand je me suis dit que "quelque chose" avait "détourné" mes pâtes- alphabet "français" pour me demander de l'aide en "anglais" ! "Quelque chose" m'avait "parlé" à travers mes pâtes alphabet "français" et ça me terrorisait. J'ai laissé en plan mes expériences, ce qui a soulagé ma mère.

Quelques jours plus tard mon père m'a demandé s'il pouvait débarrasser la table de son atelier qui me servait de laboratoire. Je lui ai crié un NON angoissé, craignant que son intervention ne soit punie par ce "quelque chose" qui m'avait "parlé". Je n'ai compris que beaucoup plus tard la chance que j'ai eu d'être le fils de mon père.

Nous avons discuté et j'ai fini par lui expliquer pourquoi il ne fallait pas toucher à cette table. Il a rigolé un bon coup, m'a expliqué que les alphabets français et anglais étaient les mêmes et qu'on disait alphabet latin et il est venu avec moi chercher d'autres mots anglais; il y en avait deux qu'on a trouvé rapidement et dont je m'en souvient, "on" et "no". Ca lui a coûté le prix d'un petit dictionnaire d'anglais.

Et ça m'a débarrassé définitivement de la crainte des "quelque chose" qui me "parlaient" et ça a ancré définitivement en moi l'idée que si je ne savais pas pourquoi une chose était arrivée je devais chercher le pourquoi et éviter d'inventer des fantômes pour la justifier.

Le dictionnaire anglais ne m'a servi que quelques jours, parce que peu à peu l'idée que des mots italiens, espagnols, bulgares etc. pourraient être là, devant mes yeux, sans que je les reconnaisse a fait son apparition. Notre nounou était mariée avec un turc (en Grèce !) et elle lisait le turc un peu; elle m'a aidé à "trouver" des mots turcs. J'étais loin de penser que je venais de "faire appel à l'expertise d'autrui". Puis ça a été mon cousin Jean qui a été mis à contribution etc.

Les pâtes-alphabet latin "parlaient" plus de langues que les pâtes-alphabet grec ! Elles pouvaient former des mots appartenant à des langues que je ne connaissais pas, que je ne pouvais pas identifier, mais qui pourtant étaient là. En tant qu'observateur j'étais limité par mon expérience. Mais je pouvais combler mes lacunes en m'assurant la collaboration des autres le temps que moi-même je parle plusieurs langues.

La nature de la matière agitée par le hasard détermine en partie le type des objets potentiellement observables, mais ne peut servir pour prédire ni la forme des objets, ni leur signification pour l'un ou l'autre des observateurs.

L'expérience de l'observateur détermine l'identifications des objets qui ont une "signification", elle leur donne même la signification ! "maman" et "μαμα" signifient la même chose avec deux formes différentes (français, grec), "nuit" une seule forme peut signifier deux chose différentes pour un francophone, "on", encore une fois une seule forme, des choses différentes pour un francophone et un anglophone !

Les formes ont la signification qu'on leur attribue en fonction de notre expérience. Tant que ces objets ne étaient pas confrontés à l'expérience d'un observateur ils n'étaient pas des mots, ils n'étaient que des pâtes qui traînaient sur une table.

Fascinant ce que le hasard pouvait faire sans le savoir.

faits du hasard

Le hasard fait des choses. Tout le temps. Et il est facile de les observer.

Souvent ça nous agace.

Mélangez la farine avec l'eau sans faire attention et vous aurez des grumeaux plein votre pâte à crêpes. Il faut être "technique" pour les éviter les grumeaux, ou dépenser de l'énergie pour les défaire.
Prenez des pâtes-alphabet (celles pour les potages pour enfants), étalez les au hasard sur la table de la cuisine, touillez un bon coup et cherchez les "mots" que le hasard a formés. Vous en trouverez de toutes les langues que vous connaissez. Les plus courts seront les plus fréquents et si par hasard vous avez obtenu "inconstitutionnellement" vous êtes en présence d'un événement rare, parce que peu probable. Mais si vous répétez l'étape "touiller" plusieurs fois vous finirez bien par l'observer cet adverbe, cet événement rare.

Ni les grumeaux, ni les mots ne sont des objets produits intentionnellement à partir de la "matière" utilisée, ce sont les produits du hasard.

Quelle que soit la probabilité d'obtenir un "objet" particulier, quand le hasard agite la "matière" qui permet de l'obtenir, il finira par apparaître sans que la moindre "intention" ou "intelligence" soit nécessaire.
C'est juste une question de nombre de fois que les événements qui permettraient d'aboutir à sa formation sont répétés. Si vous espérez obtenir le mot "hasard" en "touillant" vos pâtes-alphabet il faudra peut-être touiller plusieurs fois, observer et le cas échéant recommencer.

Si vous voulez "accélérer" le processus il vous faudra juste utiliser plusieurs paquets de pâtes et bien sûr une plus grande surface sur laquelle vous les étalez. Suite au sujet des pâtes

Une catégorie d'objets est particulière. Ce sont les catalyseurs. Des objets qui ont la propriété de favoriser la formation d'autres objets, ou d'eux mêmes, auquel cas on parle d'auto-catalyseurs.
Réfléchissons un peu à propos de ces auto-catalyseurs.

Dès que le premier est obtenu il va favoriser l'obtention d'objets semblables à lui-même. Il ne s'agit toujours pas d'une intention, juste d'une propriété, qui est apparue au hasard. Mais elle va aboutir à l'augmentation de la probabilité d'obtenir des "copies" de ce même objet.
Nous sommes en présence d'un début d'organisation du hasard qui produira une classe d'objets avec une fréquence accrue.
L'observateur non averti et non attentif, qui ignore les propriété auto-catalytiques des objets accumulés, est tenté d'y voir une intention, l'intervention d'une intelligence qui agi au dépends du hasard pour produire ses objets. Pour la nommer il y a le choix d'expression : intelligence de la nature, ou s'il veut être un peu plus pédant Intelligence de la Nature, Intelligent Designer, dieux ou Dieux, etc., ce qui traduit l'impression de la présence d'une intention. Mais ça n'est qu'une impression due à l'ignorance des propriétés des auto-catalyseurs.

Bien sûr la production au hasard d'autres objets n'est pas arrêtée quand notre auto-catalyseur est apparu. Je ne vais pas passer mon temps à écrire "notre auto-catalyseur", je vais l'appeler Nac dorénavant.
Des objets qui peuvent interagir avec Nac ont apparu et continueront à apparaître de temps en temps. Ils peuvent faire que Nac ne puisse plus catalyser la réaction qui permet d'obtenir des copies de lui-même, juste s'associer à Nac, ou même améliorer la propriété d'auto-catalyse du Nac. Mais ce sont là des phénomènes rares et il est peu probable que l'on puisse les observer. Parce que le nombre des "compagnons" de Nac est faible.

Sauf, si les compagnons de Nac (appelons les des co-Nac) sont eux mêmes des objets auto-catalytiques, ce qui ferait que leur occurrence serait plus probable.

Si le coNac inhibe le Nac il agit comme un pathogène et pourrait même faire disparaître le Nac ! Est-ce que ça lui profiterait au coNac ? Peut-être, s'il se sert de la même matière pour se reproduire que le Nac, auquel cas on parlerait même de prédateur.
Si le coNac améliore le propriété auto-catalytique du Nac il devient un allié. L'interaction Nac/coNac est une association qui favoriser sa propre propagation et stabilisera la présence des deux objets. Nous avons ici un début d'organisation du chaos de la matière, la présence d'un "organisme", composé de deux objets.
Aucune directive pour la produire, juste les faits du hasard la propriété d'auto-catalyse et d'interaction entre deux classes d'objets. Personne n'aurait l'idée de qualifier Nac/coNac de produit d'une intelligence qui aurait présidé à la formation de cet organisme. Enfin, si, il y a des personnes qui ignorant les propriété auto-catalytiques des deux objets et le fait qu'elle peuvent être le produit du hasard qui auraient tendance de se demander quoi/qui est responsable de l'apparition du "couple" Nac/coNac; ils pourraient même être fascinés par l'Intelligence qui les a produits.

Il y aura à un moment ou un autre un coNac qui sera bénéfique pour le Nac et qui pourra également tirer bénéfice pour lui même, c-a-d qu'il verra sa propre auto-catalyse amélioré par son association avec le Nac. Donnons lui un nouveau nom pour le distinguer : syncoNac, le "syn" devant nous rappeler qu'il y a un "plus" pour la coNac aussi. Si Nac et syncoNac étaient vivants on aurait parlé de symbiose et on les aurait qualifié de symbiotes. Et cette association, aux bénéfices mutuels est plus stable que la Nac/coNac. Si on ne savait pas que les Nac ne sont pas intelligents on pourrait penser qu'ils ont choisi les suncoNac, qu'ils les ont sélectionné intentionnellement parmi les les deux possibilités : coNac - suncoNac. Il y a bel et bien sélection, mais elle n'est pas intentionnelle, c'est encore une fois le produit du hasard. Si on était en train de parler "biologie" on aurait parlé de sélection naturelle, fruit du hasard.

Donc, au hasard, on peut observer l'apparition d'un organisme (Nac/suncoNac) qui sera persistent, se reproduira et colonisera peu à peu la matière, sans qu'il y ait un schéma directeur, ni une intention, ni une intelligence en action.

L'exemple impliquant Nac, coNac et syncoNac, malgré sa simplicité, montre trois comportements : parasitisme, coopération et antagonisme.

Nac est un parasite pour coNac, il en tire bénéfice sans lui en apporter.

Nac et syncoNac coopèrent, l'association est bénéfique pour les deux.
syncoNac est un antagoniste de coNac, pour l'occupation de la niche que constituent les Nac.
Les "organismes" Nac/coNac et Nac/syncoNac sont également des antagonistes; il y a transfert de la "relation" coNac vs syncoNac aux organismes qu'ils peuvent former en s'associant avec Nac.

La notion d'antagonisme est apparue parce qu'implicitement j'ai considéré que (a) les deux (coNac et syncoNac) se lient à Nac de la même façon, interagissant au même site de liaison, (b) que cette liaison était stable et (c) que syncoNac était neutre vis à vis de coNac.

Dès lors que coopération et antagonisme sont apparus, un autre élément a fait sont entrée, la sélection naturelle. Les propriétés de Nac/syncoNac font qu'il deviendra progressivement majoritaire par rapport à Nac/coNac sans qu'il y ait intervention externe, sans qu'il y ait choix quant à l'un ou de l'autre des deux "organismes".
L'ex-chaos va se peupler de ces deux types d'objets.

jeudi, octobre 12, 2006

Augustine

Je savais qu'un curé avait contesté les six jours de la création bien avant Darwin, mais je n'arrivais plus à mettre la main dessus. C'est chose faite. Maintenant il faut voir où trouver ses textes.
Let no one think that, because the Psalmist says, He established the earth above the uater, we must use this testimony of Holy Scripture against these people who engage in learned discussions about the weight of the elements. They are not bound by the authority of our Bible; and, ignorant of the sense of these words, they will more readily scorn our sacred books than disavow the knowledge they have acquired by unassailable arguments or proved by the evidence of experience. (pp. 47-48)

Does it sound un-scientific

How do archetypes exactely provoque macro mutations in DNA? We will never be able to prove it ! Even if we were to witness the unfolding of a a new genera, we could deduct from our observations that «something» is going on, but could never pinpoint what this «something» is. Does it sound un-scientific?
Source (ppt file) C'est de Jean Staune

philo-science

Quand on en est à confondre matérialisme scientifique et matérialisme philosophique il convient de poser ses affaires, aller prendre un grand bol d'air et se ressaisir.
Au retour ouvrir un dictionnaire et relire ce que Science et Philosophie signifie.

Il y a des chances qu'on s'en sorte.

dimanche, octobre 08, 2006

phenotype #2

Un phénotype est a priori1, par définition en fait, ce qui est visible.

Quand on souhaite discuter des relations prédateur/proie, en faisant intervenir un trait phénotypique, il est nécessaire de s'assurer que nous avons la même perception du dit trait que le prédateur, ou, le cas échéant, se baser sur la vision du prédateur et pas la nôtre.

Il est connu que le spectre lumineux perceptible n'est pas le même pour tous les yeux et que ça altère la visibilité de la proie.

Etre d'autant plus attentif à ce genre de cas que le trait phénotypique étudié fait intervenir des structures aux propriétés optiques contre-intuitives, par exemple les couleurs des lépidoptères, et des prédateurs connus pour percevoir un spectre lumineux différent du nôtre, par exemple les oiseaux.

1axiomes et définitions sont des a priori dont on ne saurait se passer, n'est-ce pas ?


Dans les cas particuliers où la réfraction de la lumière joue un rôle, garder en tête le cas de l'arc-en-ciel; le type et l'orientation de l'éclairage et la position de l'observateur sont des éléments qui déterminent son apparition; impossible de l'attraper ! Aucun prédateur qui se mettrait à chasser l'arc-en-ciel ne pourrait l'attraper pour se rendre compte qu'il n'est pas nourrissant.

phenotype #1

Soit un caractère phénotypique quelconque que l'on souhaite étudier : il doit être clairement défini, éventuellement assorti des paramètres qui le caractérisent [eg oeil : forme, couleur]

Commencer par définir la population étudiée.

Etudier la variance du phénotype dans la population, en choisissant un échantillon suffisamment large pour qu'il soit représentatif; pour les petites population l'ensemble devra être pris en compte.

Quelles que soient les conclusions issues de ses observations elles ne s'appliquent qu'à la population initialement définie et ne peuvent être généralisées.

Si l'on souhaite discuter de l'évolution génétique de la population à partir des données phénotypiques il faut établir que (1) le phénotype est génétiquement déterminé et si c'est le cas (2) établir le degré de la liaison génotype/phénotype si la liaison n'est pas absolue : allèle x phénotype x.


Notes :
éviter de discuter de la population parisienne en ne considérant qu'un échantillon issu d'un immeuble du 13ème, on risque de conclure que Paris se trouve en Chine; si l'échantillon est limité de facto penser à faire autant des conclusions qu'on en tire
la liaison génotype/phénotype est nécessaire pour éviter de discuter du phénotype "nez cassé", dû à la pratique de la boxe, en l'attribuant à un gène "nez cassé"; l'étude de l'apparition du phénotype lors du développement peut apporter des éléments intéressants pour établir cette liaison
si on étudie un phénotype dont des échantillons sont présentes en plusieurs exemplaires chez un même individu, ne pas oublier de mesurer la variance chez les individus; ne pas imaginer qu'après avoir vu une seule ephelide chez une rousse on les connaît toutes, observer la totalité de la surface de sa peau peut être une activité agréable :-)

samedi, octobre 07, 2006

futurologie

By Ion Zwitter, Avant News Editor
Johannesburg, April 9, 2011

Following the recent successful passage of the controversial Creation Law bill in the United States, an unexpected scientific wrinkle emerged as a consequence that has sent international diamond markets into a dramatic tailspin. The Creation Law, signed by President Bill Frist last Tuesday to rapturous acclaim from the Christian Right, effectively overturned the Scopes Monkey Trial appeal decision of 1925 by once again rendering the teaching of evolutionary theory a crime. Creation Law, which effectively turns the 1968 Epperson vs. Arkansas US Supreme Court ruling on its head, instead mandates the teaching of biblical creationism, which was also briefly known as "intelligent design" during the early years of this century, in all public venues.
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vendredi, octobre 06, 2006

egocentric

Je répétte que le seul lien c'est MOI MOI et encore MOI,
1)Je les ai TOUS connus indépendament de [institution x] sauf [individu 1]
2)la pluspart des signataires (sauf [individu 2] [individu 3] [individu 4] et [individu 5]) ONT CONNUT [institution x] PAR MOI!
3)C'est meme le cas d'américains comme [individu 6] [individu 7] [individu 8] ou [individu 9] qui sans moi ne savaient meme pas que [institution x] existait.
4)Et c'est moi qui ai "découvert" [individu 9] l'un des plus anti matérialiste de tous alors que son bureau était a 500m de ceux du [institution y] et que le [institution y] ne connaissait meme pas sont existence, c'est ça la"[MOI] touch"
Eh oui ! Il y a des mecs comme ça, ils m'écrivent et moi je lis leur messages !
Et encore, ce n'est qu'un extrait :-(

theologien

Extrait de correspondance :
Personne à ce jour n'a contesté ce modèle, toi compris.
Mais si ! Je conteste ton modèle ! Je ressens au plus profond de moi que ce n'est qu'un costume taillé sur mesure pour coller après coup aux faits1.
Une ratiocination2 de théologien3. Mais pour discuter de ton explication darwinienne des faits constatés par ADM, je ne suis pas à armes égales avec toi, car je suis un "phénotypiste pur"4 et ce ne sont pas mes connaissance scolaires de la génétique et des maths qui font le poids face à un pro dont c'est à la fois la formation poussée et le pain intellectuel quotidien : je suppose que tu conviendras de notre inégal armement pour ce combat5. Cela dit, je relève quand même le défi (je préfère être imprudent que démissionner devant ce que je crois être contraire à la vérité), et encore cela dit, au cours de notre échange de courriels de mars, j'avais commencé à protester.
  1. Si on souhaite éviter les a priori et les hypothèses gratuites, on observe attentivement les faits, puis on cherche une explication plausible et testable. C'est une attitude très scientifique.
  2. Certes,
  3. mais certainement pas de théologien ! Vade retro théologiens ! :-)
  4. Est-ce admissible pour un "phénotypiste pur" d'ignorer la génétique ? Et pourquoi aujourd'hui se restreindre à "phénotypiste pur" ?
  5. Oui, il se peut qu'il y ait inégalité, mais ce n'est que ton choix et il peut être aisément rectifié

imaginaire

Quand un non biologiste (évolutionniste), non-darwinien, téléologiste essaie d'imaginer ce que pourrait être une approche rationnelle d'un problème, ça donne :
Ce débat est très intéressant car il permet d’entrer “en direct “ dans l’esprit d’un darwinien et de voir comment il raisonne.
1) Il va inventer une solution improbable ou faire des suppositions gratuites.
-Un insecte qui mange des plantes et des insectes est un prédateur du Kallima faux
-Un champignon qui apparaît sur les ailes d’un papillon ne ressemblant pas à une feuille morte faux
- Le Kallima ressemblerait à un papillon incomestible ou serait incomestible d’ou la couleur voyante de l’autre face de ses ailes. faux

0/3 :-D
manque sérieux d'entraînement en logique

parfaitement raison ?

[Antoine] a raison! Il a même parfaitement raison! j’ai confondu évolution et complexification. Au cours de l’évolution, certaines structures d’ailes de papillon se simplifient en évoluant, les ancêtres ont des ailes aux dessins plus complexes que leurs descendants.
Je vais donc retirer l’exemple en question de mon livre. Merci Antoine si tu as d’autres éclair de génie n’hésite pas, je suis preneur !
Bah ! s'il me passait son bouquin et qu'i me payait (cher) pour une édition pré-impression je pense qu'à la fin il finirait sans aucun exemple relatif à la biologie :-D
J'attend voir ce qui restera pour me payer du bon temps; c'est mieux que les mots-croisés ou le sudoku pour le café du matin.

experts

Les arguments d'autorité sont multiples dans le discours de certains. Il semble essentiel de dire ce qu'un expert pense, même si le dit expert ne l'est pas nécessairement du domaine discuté.
Disons qu'on soit en train de parler d'évolution d'un papillon et qu'un ou plusieurs, ou même tous les experts entomologistes qui se sont penchés sur le cas du dit papillon se soient forgé une opinion quant à la façon dont il a évolué. Une opinion pas supportée par des données; une espèce d'intime conviction qui n'est pas suffisante en terrain scientifique.

Sur le fond, la séquence présentée ici est de loin la plus crédible car les spécialistes des papillons admettent que la forme “imitation d’un champignon” ne peut apparaître que sur un champignon [papillon] qui ressemble déjà à une feuille, pour des raisons décrites ci-dessous.
Si on est un idolâtre de la conviction intime des experts on peut marcher. (C'est un peu comme les milieux autorisés de Coluche qui s'autorisent à penser.)
Il ne suffit pas de présenter une séquence qui soit la plus crédible; si on souhaite utiliser un terme plus approprié, je pense qu'il faudrait dire "probable" et tourner la phrase différemment : L'hypothèse présentée ici est considérée actuellement comme étant la plus probable par les entomologistes.

Ca ôte le caractère quasi-dogmatique et ex cathedra de l'assertion la ramenant à ce qu'elle est vraiment, une hypothèse de travail qui mérite d'être explorée

a priori

Y-en a qui pensent de travers et à force ils finissent par comprendre et lire de travers. Ainsi, quand une de leur phrase est citée pour aborder un problème, ils s'engouffrent dans leur contexte personnel et manquent encore une fois le point important.
Je dis

"Peut elle vraiment accomplir tout ce qu’il faut ABSOLUMENT qu’elle accomplisse pour que le darwinisme puisse expliquer l’évolution ?, le point introduisant la déviation étant “tout ce qu’il faut ABSOLUMENT qu’elle accomplisse"
Il part en courant
Je prétends avec force que le “absolument” n’est en rien une “déviation”. La structure de l’argumentation darwinienne est très claire: soit une structure existante à été sélectionné, soit elle est simplement là par hasard (Gould) mais alors elle ne peut pas être très complexe.
J'ai isolé la phrase parce que c'est un échantillon typique de pensée téléologique. Les processus évolutionnaires n'ont rien à accomplir, il n'y a pas de cahier de charges à suivre. C'est un de ces a priori qui foutent les raisonnement en l'air sans que l'on s'en rendre compte.

Venant d'un gars qui plaide pour une science sans a priori c'est truculent.

jeudi, octobre 05, 2006

principe anthropique aka anthropic principle

Principe anthropique

  • L'univers est compatible avec la vie !
  • Bien vu patate, si ce n'était pas le cas tu ne serais pas ici à nous assener des vérités.

Jusque là les choses sont à peu près tolérables. Puis c'est parti en couilles, enfin en guerre des zizis. A peu de chose près, en fait il s'agissait non pas de savoir qui avait le plus long/gros, mais qui aurait le plus fort. Parce que le premier principe anthropique qui a été annoncé était faible, le pauvre.

Une fois ses vitamines avalés, il est devenu plus fort et il a commencé à s'occuper non pas seulement de la compatibilité de l'univers avec la vie mais il a entrepris de charger la mule avec des obligation ! Ouais, tu dois avoir les propriétés adéquates pour que je puisse venir te voler dans les plumes, parce que si je n'étais pas là tu n'existerais pas, même que si tu me fais chier un peu trop il se peu que je me casses dans un autre univers.
Ce sont les observateurs de l'univers qui parlent, que ce soit des formes de vie basées sur du carbone ou autres, inconnues au bataillon pour l'instant.

Puis arrive le plus gros zizi des tous possibles, le principe anthropique final. Ta da ! Entraîné avec la pompe spéciale. Bon, il a eu quelques problèmes au début, mais il y est arrivé quant même.


Je suis désolé d'avoir choisi un cartoon politiquement incorrect pour illustrer mon propos, mais je n'ai pas pu en trouver sans mec qui fume :-( et comme on dit : clic to enlarge

Et il y a toujours une légère confusion qui règne, entre le point Oméga et le point G (c'est ce qui arrive quand on laisse le soin à des non-pratiquants de la chose de nommer les concepts).

En dehors de l'énoncé de base (WAP) qu'est un truisme de café, les autres sont des fantasmes baptisés hypothèses cosmologiques et que certains utilisent comme si c'étaient des lanternes pour éclairer leurs raisonnements.

Bien sûr on peut se poser des questions quant à la structure de l'univers et les changements qui auraient fait que l'on ne soit pas ici pour se les poser; et ça fait avancer le schmilblic en faisant cogiter les physiciens d'un côté, les philosophes de l'autre.

Je pense, donc je suis, donc l'univers est compatible avec mon existence et par conséquence avec la pensée.

Mais quand les raisonnements deviennent un peu trop longs, il y en a qui se perdent en route. Et ils commencent à y ajouter des assertions fantaisistes, comme s'ils étaient en train de décorer l'arbre de Noël.

Je pense, donc je suis, donc l'univers est compatible avec mon existence et par conséquence avec la pensée, donc...

"Y-a quelqu'un qui a fait en sorte que l'univers soit compatible avec le fait que je pense. Et si tu ne crois pas que c'est le cas, c'est que tu es un pauvre obscurantiste qui refuse la lumière apportée par la vessie qui me sert de lanterne."
On a ici un début de l'expression de l'égocentrisme de cette catégorie de penseurs, et d'emblée un échantillon de la rhétorique qui leur sert pour avancer dans le monde univers propageant de la pseudo-science. Parce que de nos jours c'est pas plus mal de se présenter comme scientifique.

Ce qui est marrant c'est qu'ils semblent adhérer de près à deux concepts scientifiques : tester et reproduire. Mais appliqués un peu de travers. D'habitude, en scientifique, on teste les hypothèses et on reproduit les résultats, eux ils testent la façon de présenter leur baratin, pour le rendre un peu plus efficace, et reproduisent leurs textes, ayant constaté que le bourrage de crâne fini toujours par apporter quelques fidèles. Ils n'ont pas l'air de vouloir valider les hypothèses qu'ils avancent.

Les attitudes varient largement. Au début je pensais (naïvement) que c'était une question d'honnêteté, mais à regarder de plus près on se rend compte que ça pourrait être une simple adaptation aux lois du marché local et du modus operandi choisi des diverses factions; le fond restant strictement le même.

Le fait de pratiquer la transmutation du principe anthropique, d'hypothèse en fait scientifique, ne peut être que le fait d'un créationiste; ce qui fait qu'on observe autant de segments de marché que de types de créationistes.

Ca va de la Creation Science qui s'adresse aux croyants intégristes/fondamentalistes, en passant par l'Intelligent Design qui a politisé la chose, à la Templeton Foundation qui la joue puriste et scientifique.

Mais, pour que l'hypothèse de départ (y-a quelqu'un) puisse espérer subir la transmutation un jour, pratiquée à coups d'advertisement pour l'instant, les uns et les autres ont besoin d'une chose essentielle. Prouver que l'univers a un sens et qu'il a été créé pour faire apparaître la vie, dont eux-mêmes. Du coup, il est intolérable de laisser planer le doute que la vie puisse être le fruit du hasard, à la Darwin. Si c'est le cas il y a un obstacle infranchissable. (ce qui explique qu'un modeste biologiste puisse se préoccuper de concepts si élevés !)

Il y a plusieurs formes de négationisme :

"Moi descendre du singe ? tu m'a bien regardé mec ?", auquel on a envie de répondre "justement !".

"Hey, où sont passés les formes intermédiaires entre espèces", suivi du "ce n'est pas suffisant" quand on a la chance de pouvoir les présenter.

"Oui, mais comment est-ce possible que les bactéries aient des flagelles ?", élément de base de l'Intelligent Design Attitude, qui consiste à dire que tout ce que l'on n'a pas encore compris est une preuve que quelqu'un l'a fabriqué. Bien sûr, il leur faut céder du terrain peu à peu, par exemple quand des preuves d'évolution d'un système, déclaré irréductible, sont apportées, disons le système immunitaire. Mauvais plan.

Ou vous avez la variante française à base de Grassé et de thériodontes; "je ne vois pas comment les Thériodontes ont pu évoluer suivant un schéma darwinien". N'allez pas leur demander de préciser quel est le point particulier qu'ils ne comprennent pas, il est clair : ils n'ont pas compris le quelque peu geekish terme RTFM, qui donnerait en français (pour faire plaisir aux québécois), LCPDM, Lis Ce Putain De Manuel, en traduction libre, auquel j'ai envie d'ajouter, couillon ! [donc LCPDM,C].

"Oui, mais il y a un plan caché qui conditionne l'évolution; je ne sais pas où il est caché, mais il y en a forcement un". Ca rend la discussion tout de suite plus difficile, parce que quand on a des a priori de ce genre, et qu'au lieu d'essayer d'apporter des preuves de ce que l'on avance on en demande des preuves du contraire, la discussion devient impossible. C'est comme si je disais, "mais bien sûr que Zeus existe, si tu n'es pas d'accord prouve le contraire, moi je n'ai plus rien à dire", ajoutant avec mon franc parler habituel, "pauvre con".
Demander une preuve de l'existence de ce plan inconnu, abouti soit à être traité d'obscurantiste, soit à être noyé par des preuves bidon, qui ne sont que du texte truffé d'illusions de logique.

Rene Thom

Le nom de est apparu dans une discussion il y a un ou deux jours. J'ai gardé un très vague souvenir de son bouquin sur la morphogenèse en biolo, qui se résumerait par : "le mec n'a pas dû lire le bouquin comme il faut". Comme j'en ai parlé récemment je suis parti faire une virée sur le Net avec comme mot clé René Thom. Je ne le savait pas mort (depuis peu en fait, octobre 2002). Le morceau que j'ai récolté est de :

Many mathematicians developed the catastrophe theory, but it never had the success achieved later by chaos theory because it failed to live up to its promise of useful predictions. Nevertheless, catastrophe theory was inspired by Thom's passion to understand the world geometrically. Late in his career, Salvador Dali painted Topological Abduction Of Europe: Homage To René Thom (1983), an aerial view of a seismically fractured landscape juxtaposed with the equation that strives to explain it.

Thom's contributions to other fields did not always sit comfortably with colleagues. In his book What Mad Pursuit, Francis Crick, the Nobel prizewinner who was a co-discoverer of the structure of DNA, recounted a meeting with him where scientists were discussing progress in cracking the genetic code. Thom suggested that some of Crick's recent research might be wrong because, though supported experimentally, it did not comport with mathematical theory. Crick opined that Thom did not understand how science worked: "what he did understand he didn't like, and referred to it disparagingly as 'Anglo-Saxon'."

[source]
Bon, suis pas le seul à le trouver nul et à préférer la théorie du chaos. Thom suggested that some of Crick's recent research might be wrong because, though supported experimentally, it did not comport with mathematical theory. Le mec qui laisse tomber l'évidence expérimentale au profit de son modèle mathématique au lieu de tout effacer et essayer d'écrire un meilleur, pouvez-vous le prendre au sérieux après ? Moi pas !

mardi, octobre 03, 2006

créationistes

Il y a souvent des confusions quand on utilise certains termes. Ceci vient de leur utilisation pour designer l'une ou l'autre des fractions, qui finit par devenir presque un trade mark (et quand je parle de ™ j'entends ™).

Prenez Intelligent Design par exemple. Ses partisants se sont tellement radicalisés que d'autres, comme la Templeton Foundation, ne veut plus rien avoir à faire avec ! Bien sûr la scission est venue après qu'ils aient été maltraités par le procès de Dover. Avant on faisait copain-copain avec.

Une des familles de termes qui est la plus maltraitée est , , etc.

Est par définition créationiste quiconque croit que l'univers a été créé. Après on peut commencer la classification :

A propos des chronologies

  • Créationiste strict, celui qui croit que la Genèse est une espèce de compte rendu fidèle de la création.
  • Créationiste géo-sceptique, celui qui croit que la Terre n'est pas plus âgée que quelques milliers d'années et que le créateur a planqué des fossiles juste pour occuper les paléontologues.
  • Créationiste géo-logique, celui qui croit que la Terre est issue d'une maturation de l'univers après le Big-Bang.

Suivant le degré d'interventionnisme

  • T0, celui qui croit que le créateur est intervenu juste à l'origine et que depuis il laisse pisser
  • Tx, celui qui croit que le créateur intervient de temps en temps pour faire changer les choses
  • Tt, pour tout le temps, celui qui croit que le créateur guide attentivement un oeil sur sa création et intervient continuellement pour des ajustements

La matrice bi-dimensionnelle qui est ainsi ouverte comporte neuf cas.

Je ne fais pas ici mention de la nature du créateur, laissant pour l'instant ouverte la porte pour , ou les divers que les mythologies anciennes et modernes nous offrent, y compris pour le mystérieux , ou pour une autre quelconque entité qui aurait pris le temps pour le du .

Ainsi on peut aller du "créationiste stict - Tt", qui s'apparente aux chrétiens intégristes au "créationiste géologique - T0" qui s'apparente à la mouvance de l', et donc à .

Deux caractéristiques sont communes aux neuf types ci-dessus :

  1. Ils croient à la création de l'univers par quelque entité de surnaturelle,
  2. ils n'apportent aucune preuve de son existence.


Il y a un groupe de quelques personnes qui essaient de changer l'utilisation du terme créationisme, parce qu'ils n'aiment pas. Ils écrivent :

The term creationist should only be used to describe those people who deny a common ancestor to all the main forms of life on earth or who deny that evolution led the original forms of life to present day beings. If we don’t apply this rigour regarding the use of these terms, all Jewish, Muslim, Christian or Deist scientists could be described as Creationist because they believe in a creating principle. And the majority of the founders of modern science, including Newton, Galileo, Descartes also, for the same reason. [source, pdf]
Bien sûr ! Juifs, Musulmans, Chrétiens et autres déistes sont des créationistes. Soient ils croient à un créateur auquel cas ils sont créationistes, soit ils croient qu'il n'y en a pas de créateur et ils ne le sont pas.

Quelles sont les motivations de ne pas admettre cet adjectif qui décrit si bien leur croyance ? Ont ils peut d'être confondus avec la "" et son dérive, l', un des plus canulars des temps modernes ? Probablement et pour cause : ils sont dans le même sac/cas; ils sont incapables de fournir de preuves de ce qu'ils avancent, seules les hypothèses et leur foi sont disponibles, pas de quoi entamer un débat scientifique.

A propos

Depuis que j'ai commencé à m'intéresser à l'Intelligent Design, le nombre de conneries que j'ai pu entendre et surtout lire est vraiment important.

Je me suis souvent posé la question de savoir si les personnes qui tentent d'attaquer la Science ou la Logique, ou le Rationalisme, ou le Matérialisme, le font de bonne foi ou pour exploiter le filon d'or que représentent les crédules de tout genre qui sont avides de mystère et d'histoire pour gamins.

Je me suis promené sur les sites de l'Intelligent Design, de l'UIP, lu les articles censés démontrer que le darwinisme est impuissant devant certains des mystères de la vie, eu tout mon soûl de raisonnements biaisés, de paraboles foireuses, de personnes qui parlent d'évolutions en ayant un niveau de connaissances au dessous de l'acceptable de la part d'un étudiant de licence, d'incapables à présenter un exemple de sélection naturelle en le comprenant.

Jusqu'à présent mes notes étaient disséminées dans les commentaires de certains blogs, dans des forums public de discussion, dans des blogs dédiés à l'un ou l'autre des aspects de la question, dans les nombreux e-mails que j'ai échangés.

J'ai décidé de les assembler ici.

Ce n'est pas un lieu de discussion, ainsi seuls les commentaires qui m'intéressent seront acceptés. Je laisse les rétroliens actifs, pour que le visiteur puisse suivre la discussion ailleurs, pour ne pas être taxé de vouloir museler qui que ce soit.

Ce n'est pas une collection exhaustive, je traiterai des sujets qui me donnent envie, pas obligatoirement des sujets qui sont à la mode du moment. Si quelque chose vous paraît intéressant et vous voulez avoir mon avis laissez un commentaire, je verrai si j'aurai envie de suivre le fil que vous proposerez.

Vous verrez souvent les tags/labels : , , ou , , ou , , , , , ,, , .

Je reviendrai de temps en temps compléter cette liste. En fait, chaque post de ce blog sera périodiquement édité.